Wie dargelegt beinhalten die Sammlungen des Museums der Natur auch historische Sammlungen von einmaliger nationaler Bedeutung, die allerdings schwerlich in ein modernes naturkundliches Museum passen. Hierzu zählen die Conchylien- und Mineraliensammlung, Einzelobjekte wie das menschliche Präparat von 1723 oder zoologische Präparate wie ein Elefant aus der Mitte des 19. Jahrhunderts oder der letzte, 1819 in Thüringen erlegte Luchs. Gerade mit diesen Sammlungen und Präparaten verbindet sich eine spannende Historie, die man erzählen sollte; zudem weisen diese Objekte teilweise einen hohen Identifikationsfaktor bei der regionalen Bevölkerung auf.
Die Sammlungen waren aber auch von großer Bedeutung für die Herzöge: Sie förderten damit nicht den Forschungsstandort Gotha, denn zahlreiche bedeutende Wissenschaftler wurden aus ganz Europa aufgrund dieser Sammlungen nach Gotha gelockt, was es ebenso in einer musealen Präsentation darzustellen gilt, sondern mit den Sammlungen und ihre Erforschung waren auch handfeste wirtschaftliche Interessen verbunden.
Die Ausstellung der „Naturalia“ sollte in den historischen Räumen, die einer aufwändigeren Wand- und Deckengestaltung ermangeln, modern sein, dennoch aber in der Anordnung die Idee eines alten Naturalienkabinetts widerspiegeln. Mit einer solchen Präsentation kann man auch einen scheinbar nicht an der Naturgeschichte interessierten Besucher auf die reichen modernen naturkundlichen Sammlungen in Gotha aufmerksam machen. Gleichzeitig bildet aber das Naturalienkabinett einen weiteren Baustein in der Betrachtung des „barocken Universums“.
